霉菌毒素（mycotoxins）主要是指霉菌在其所在飼料中產生的有毒代謝產物。據統計，已知的霉菌毒素多達300多種。飼料中檢測的霉菌毒素主要有6種，分別是由黃曲霉菌產生的黃曲霉毒素，赭曲霉菌產生的赭曲霉毒素A以及鐮刀菌產生的嘔吐毒素、玉米赤霉烯酮、伏馬毒素以及T-2毒素。

 黃曲霉毒素是曲霉菌屬的有毒菌特別是黃曲霉菌和寄生曲霉菌分泌的代謝產物，屬于雙呋喃香豆素類物質?，F在已知的黃曲霉毒素已有20多種，但飼料中最常見的是黃曲霉毒素B1、B2、G1、G2。其中，黃曲霉毒素B1是毒性最強的，黃曲霉毒素G2、B2和G1的毒性為其10%、20%、50%。
 黃曲霉毒素容易污染的作物有杏仁、玉米和一般谷物，不當的儲存條件極易導致黃曲霉毒素的產生，在濕熱地區食品和飼料中出現黃曲霉毒素的概率最高。
 黃曲霉毒素主要使動物肝臟嚴重受損，從而表現出全身性出血、消化機能障礙和神經癥狀，禽類采食如黃曲霉毒素感染飼料原料，則會出現生產性能下降，產蛋畸形等癥狀，黃曲霉毒素超過限定量時甚至會導致動物死亡。
 國家標準對飼料中的黃曲霉毒素最高限量設定為50ppb，但在實際生產中，養殖場往往高于這個標準，黃曲霉毒素的水平低于10ppb才被認為是安全的，仔豬應該控制在5ppb以下。
 玉米赤霉烯酮（ZEN），又稱F-2毒素，是一種鐮刀菌屬霉菌代謝產生的非類固醇類雌性激素物質，它具有很好的耐熱性，毒素在飼料原料的收獲、加工和處理過程中毒性損失很小。
這類霉菌可在多種谷物上滋生，特別是在溫度中等濕度較高的環境下，低溫環境下溫度波動可以導致該毒素的大量產生，此類霉菌最適生長溫度為25 ℃左右。
 ZEN主要影響動物的生殖系統，其可促進子宮DNA、RNA和蛋白質的合成，使動物發生雌激素亢進癥，所以又被稱為類動情毒素。母豬在采食受ZEN感染的飼糧后常表現為外陰持續性紅腫，子宮、乳腺肥大以及卵巢萎縮等癥狀，同時有研究表明動物陰道或直腸脫垂也與飼料感染ZEN有關。公豬采食受ZEN污染的飼糧則表現出性欲低下、精液量減少、密度降低，精子萎縮、變形或畸形率增加等癥狀。而在ZEN亞急性中毒時，母豬以及母牛會出現流產，死胎等癥狀，仔豬會出現睪丸萎縮，乳腺增大等雌性癥狀。禽類會出現泄殖腔外翻，產蛋率降低，輸卵管擴張等癥狀。
 國家的限定殘留是500μg/kg。

 嘔吐毒素（DON）又稱脫氧雪腐鐮刀菌烯醇，屬單刀孢霉烯醇化合物。其主要由禾谷鐮刀菌以及黃色鐮刀菌產生。常見于玉米、小麥、大麥、燕麥當中。嘔吐毒素能導致皮膚刺激，缺乏食欲，嘔吐；在后期，則會引起出血、消化道的壞疽、中樞神經系統問題、免疫系統的破壞、骨髓造血功能的衰退以及生殖功能衰退等。
 從全球范圍來看，嘔吐毒素是最為普遍的谷物污染物，單端孢霉烯族毒素是有強烈免疫抑制作用的霉菌毒素之一。
 飼料中嘔吐毒素含量超過2mg/kg時，建議停止用來喂豬，國家的限定殘留標準為1mg/kg。
  不同劑量的霉菌毒素對細胞的作用不同，產生的危害也各不相同，準確檢測飼料中毒素濃度，才能準確判斷病因，及時治療，所以霉菌毒素定量檢測對養殖場安全生產意義重大。
 科學抽樣對檢測結果的準確性至關重要，霉菌毒素總變異=抽樣變異+二次抽樣變異+分析變異，其中抽樣變異占總變異的88%。

 豬場霉菌毒素的監測：
  購買原料時檢測、放置過程中檢測、使用前檢測、飼喂過程中定期抽檢。
各項霉菌毒素達到標準后才能用于生產，超標的視具體情況適當處理，添加吸附劑或用于其他更耐受的畜禽使用。監測頻率根據當地氣候條件、各場實際情況制定。

疾病診斷：
霉菌毒素是萬病之源，百毒之首，很多疫病是因為長期的慢性霉菌毒素中毒而導致免疫抑制，降低動物對病原的抵抗力及對疾病的易感性，因而會誘導或增強動物疫情的傳播，在每次診斷疾病前建議檢測飼料中霉菌毒素的含量，做到綜合防治疫病。